Из мануала к ФриБСД. Глава о пересобирании ядра:
Подсказка: Помещение файла конфигурации ядра в /usr/src может быть плохой идеей. Если вы испытываете проблемы, их можно решить удалив /usr/src и начав все с начала. После этого обычно требуется несколько секунд, чтобы понять, что вы удалили собственный файл настройки ядра.